審計監督處主要職能為：
       一、負責院及直屬單位預算審計、財務收支、經濟活動、各類專項資金使用等情況的內部審計；
       二、負責院直屬單位主要負責人的經濟責任審計；
       三、負責固定資產投資項目及其投資活動的審計監督；
       四、負責對上級黨委、政府有關科技、“三農”等工作重大決策部署的貫徹執行情況，以及本院重大決策事項進行督查催辦等工作。